GRAPPLE - Iterative modelling of gene regulatory interactions underlying stress, disease and ageing in C. elegans
Wormen zijn net mensen. Dit geldt niet voor hun uiterlijk maar wel voor een groot aantal genen die betrokken zijn bij veroudering. Het is al grotendeels bekend welke genen dat zijn maar wat we nog niet goed snappen is hoe al deze genen samenwerken. Om dit op te lossen gaan de onderzoekers de DNA volgorde bepalen van honderden genetisch verschillende wormen. Vervolgens wordt hun levensduur bepaald en gekeken welke genen aangeschakeld zijn. Door de DNA volgorde van elke worm te vergelijken met deze aangeschakelde genen kan worden afgeleid hoe ze samenwerken. Hier wordt een wiskundig model van gemaakt wat informatie geeft over de aard en sterkte van de samenwerking. Door in het model kunstmatig genen aan of uit te zetten kunnen de onderzoekers voorspellen wat er in de worm gebeurt. Deze voorspelling wordt dan weer getest in echte wormen. Vervolgens wordt de uitkomst vergeleken met dezelfde genen die in mensen voorkomen.
Producten
Auteur: Green J.W.M., Snoek L.B., Kammenga J.E., Harvey S.C
Magazine: Heredity
Auteur: Snoek L.B., Li Y., van der Velde J., Arends D., Beijer A., Elvin M., Fisher J., Hajnal A., Hengartner M., Poulin G.B., Rodriguez M., Schmid T., Schrimpf S., Xue F., Zheng., Jansen R.C., Kammenga J.E., Swertz M
Magazine: Nucleic Acids Research
Auteur: Rodriguez M., Snoek L.B., De Bono M., Kammenga J.E
Magazine: Trends in Genetics
Auteur: Volkers R.J.M., Snoek L.B., Hellenberg Hubar C.J., Coopman R., Chen W., Yang W., Sterken M.G., Schulenburg H., Braeckman B.P., Kammenga J.E
Magazine: BMC Biology
Verslagen
Eindverslag
Wormen zijn net mensen. Dit geldt niet voor hun uiterlijk maar wel voor een groot aantal genen die betrokken zijn bij veroudering. Het is al grotendeels bekend welke genen dat zijn maar wat we nog niet goed snappen is hoe al deze genen samenwerken. Om dit op te lossen hebben de onderzoekers de DNA volgorde bepaald van honderden genetisch verschillende wormen. Vervolgens werd hun levensduur bepaald en gekeken welke genen aan- of uitgeschakeld zijn. Door de DNA volgorde van elke worm te vergelijken met deze aangeschakelde genen kon worden afgeleid hoe ze samenwerken. Hier werd een wiskundig model van gemaakt wat informatie geeft over de aard en sterkte van de samenwerking. Door in het model kunstmatig genen aan of uit te zetten kunnen de onderzoekers voorspellen wat er in de worm gebeurt. Vervolgens wordt de uitkomst vergeleken met dezelfde genen die in mensen voorkomen.
Veel complexe en algemeen voorkomende verouderingsziekten in mensen worden bepaald door meerdere genen tegelijk. Vanuit ethische overwegingen is het evenwel moeilijk om gedetailleerd genetisch onderzoek te doen in mensen. Daarom gebruiken we de worm Caenorhabditis elegans als model voor het onderzoek naar de onderliggende mechanismen. C. elegans lijkt qua genetica van complexe ziekten veel op mensen. Samen met andere Europese partners bestuderen we hoe genen met elkaar samenwerken (zgn. gen-netwerken) en hoe we deze netwerken kunnen modelleren. Het doel is om deze complexe interacties te vertalen naar de mens en zo de ontwikkeling van veroudering en daarmee samenhangende ziekten beter te kunnen begrijpen.